Quái nhể
Em vừa test lại, thấy vẫn ổn, chạy phát ăn luôn. Máy em win 7 64 bit, python 2, có một điểm khác là em add cái path vào đầu PATH chứ không phải cuối (chắc k liên quan lắm) 
Toàn bộ code setup path của em nó như thế này:
def setupPath():
current_path = os.path.dirname(os.path.abspath("__file__"))
if not current_path in os.environ['path']:
new_path = current_path + ';%PATH%'
os.system('setx PATH "%s" /M' % new_path)
print "Da Setup Path thanh cong!"
print "Khoi dong lai cmd"
print "Ban co the truy cap dnh tu bat ki duong dan nao"
Anh thử down cái DNHconsole này về, giải nén ở ổ D, xong cd đến thư mục chứa nó, xong gõ dnh setup path xem nó có thêm được path k 
https://app.box.com/s/arv1uq15sd4gklfzizxqiyjfu7feg2jb