Đọc lại lý thuyết mô hình client - server đi bạn nhé. Mơ hồ cái này thì không tiến được xa thêm đâu.
Bạn hiểu như vầy: cái JSP của bạn nó trả về nội dung một file HTML, lúc ấy Javascript bên trong đó đơn giản là những dòng text như bất kỳ dòng text khác mà thôi.
Bấy giờ server đối xử với nó như những dòng text khác, không có ý nghĩa gì với Java (compiler) thì RUN là RUN cái gì được? Nó có hiểu JavaScript là của khỉ gì đâu?
Nếu bạn chỉ là đang lập trình server side (còn gọi là back-end), thực tế mà nói bạn đâu có quan tâm người ta truy cập vào bằng trình duyệt web hoặc bằng một công cụ gì khác, mà đơn giản là bạn chỉ phản hồi lại giao thức HTTP/ HTTPS mà thôi.
Còn khi client lấy file HTML về, nếu nó là trình duyệt Web mà tắt chức năng xử lý JavaScript đi thì ngay cả lúc đó JavaScript cũng không có RUN đâu nhé.
Túm lại, đừng đi quá nhanh, anh đi nhanh quá là anh “đi” luôn áh! Học lập trình web thì cần đọc và hiểu rõ World Wide Web hoạt động ra làm sao, static web là gì , dynamic web là gì, nếu thích thuật ngữ mang tính hiện đại hơn thì gõ Google how web front-end works, how back-end web works và đọc tầm 30 trang A4 cho “thông não” đi đã.